تشکیلات فعلی اداره کل موزهها مشتمل بر چهار حوزه تخصصی است:
1- اداره نظارت و برنامهریزی
2- اداره اموال فرهنگی تاریخی
3- اداره فنی مهندسی
4- اداره حفاظت اموال فرهنگی تاریخی